抗菌治疗：发病早期即卡他期应用抗生素治疗，效果较好，痉咳期疗效欠佳，但可以缩短排菌时间，首选红霉素30～50mg/(kg・d)，用药7～14天。其次可选用氯霉素30～50mg/(kg・d)，此外还可选用氨苄西林，庆大霉素静脉滴注或肌内注射。磺胺甲恶唑/甲氧苄啶(复方磺胺甲恶唑)亦有效。目前本病治疗临床常用的抗生素为大环内酯类抗生素如罗红霉素、阿奇霉素，也有明显疗效。抗菌治疗疗程为2周。

　　对症治疗：沙丁胺醇(salbutamol)0.3mg/(kg・d)，分3次口服，能解除其痉挛症状，可以减轻婴幼儿呼吸困难。如应用效果不好，可选用镇静剂，苯巴比妥2～3mg/(kg・次)，或氯丙嗪0.5～1.0mg/(kg・次)，2次/d或3次/d，口服。肾上腺皮质激素能减轻症状和缩短病程，但要注意该药的副作用。6～9月龄以内婴儿可选用倍他米松(betamethasone)0.075mg/(kg・d)，或氢化可的松30mg/(kg・d)，肌内注射或静脉滴注，2天后逐渐减量，用药7～8天停药。

　　百日咳免疫球蛋白(P-IVIG)2.5ml(400μg/ml)，肌内注射，1次/d，连用3～5天，适用于重症患儿，幼婴剂量减半。但临床使用较少。

　　护理和一般治疗：按呼吸道传染病隔离，保持室内安静，空气新鲜和适当温度、湿度，避免嘈杂和刺激。为保持呼吸道通畅和利于分泌物的排出，婴幼儿痉咳时注意低头体位，拍背。痰多者要及时吸痰。为防止婴儿突然窒息，尤其在夜间易发生，应有专人守护。一旦发生窒息及时做人工呼吸、吸痰、给氧，必要时进行口对口呼吸。有呼吸暂停或抽搐的婴儿进气管插管和呼吸道持续正压给氧治疗，可以改善呼吸功能或减低缺氧状态，对抗存在的肺不张，减轻喉和支气管痉挛。