随着结肠镜的诊治数量的快速增加，尤其是镜下治疗范围的扩大，安全性的问题已经显现出来。由于结肠镜诊治适应症选择不当、诊治前准备不足、操作者经验缺乏等原因，结肠镜诊治过程中有可能发生以下的并发症：
　　1、肠壁穿孔；
　　2、肠道出血；
　　3、肠系膜、浆膜撕裂及脾破裂；
　　4、心跳骤停、呼吸抑制。
　　尽管这些并发症的发生率非常低，但一旦发生了就会给受检者带来不必要的病痛，不必要的经济付出，甚至是生命的付出。发生并发症后的结局如何，与发现得是否及时以及处理得是否得当密切相关。因此，早期发现非常重要。结肠镜后如果有持续的腹痛或便血一定要通知自己的医生，以便及早采取措施。