一、常规临床应用
　　1、 神经系统疾患：中枢神经系统位置固定，基本上不受生理运动的影响，故MRI以中枢神经系统效果最佳。MRI的多方位、多参数、多轴倾斜切层对中枢神经系统病变的定位、定性诊断极其优越。中枢神经系统疾病的诊断中，除颅骨骨折及颅内急性出血不及CT外，在脑部肿瘤、颅内感染、脑血管病变、脑白质病变、脑发育畸形、脑退行性病变、脑室及蛛网膜下腔病变、脑挫伤、颅内亚急性血肿以及脊髓的肿瘤、感染、血管性病变及外伤病变的诊断中，均优于CT。
　　2、颅颈移行区病变：由于MRI具有不产生骨伪影的优点，对后颅凹及颅颈交界区病变的诊断具有独特的优势。
　　3、颈部病变：由于MRI具有软组织分辨高的特点及血管流空效应，可清晰显示咽、喉、甲状腺、颈部淋巴结、血管及颈部肌肉，对颈部病变诊断具有重要诊断价值。
　　4、胸部病变：由于纵隔内血管的流空效应及纵隔内脂肪的高信号特点，形成了纵隔MR图像的优良对比。MRI对纵隔及肺门淋巴结肿大、占位性病变的诊断具有特别的价值。但对于肺内钙化及肺实质及肺间质小病灶的检出远不如CT。
　　5、心脏大血管病变：由于心脏具有周期性搏动的特点，运用心电门控触发技术，可对心肌、心包病变、某些先天性心脏病作出准确诊断， MRI的流空效应，可直观地显示主动脉瘤、主动脉夹层等大血管疾患。
　　6、肝脏病变：多参数技术在肝脏病变的鉴别诊断中具有重要价值，通过Tl加权像和T2加权像快速序列及动态增强、弥散、灌注成像可鉴别肝脏囊肿、海绵状血管瘤、肝癌及转移癌，in phaseout phase技术虽不如CT及B超敏感，但特异性高。对胆管内病变的显示优于CT，对胆囊病变的诊断与CT大致相同，MRCP结合常规及动态增强MRI对胆囊及胆道疾病的定位、定性诊断有很大的价值。
　　7、肾及输尿管病变： 肾与其周围脂肪囊在MR图像上形成鲜明的对比，肾实质与肾盂内尿液形成良好对比。 MRI对肾脏疾病的诊断具有重要价值，MRI可直接显示尿液造影图像(MRU)，对输尿管狭窄、梗阻具有重要诊断价值。
　　8、胰腺病变：由于胰腺周围脂肪衬托，MRI可显示出胰腺及胰腺导管，MRCP对胰腺疾病有一定的帮助，在对胰腺病变的诊断中，CT与MRI两者具有互补性。
　　9、盆腔病变：MRI多方位、大视野成像可清晰地显示盆腔的解剖结构。尤其对女性盆腔疾病具有重要诊断价值，对盆腔内血管及淋巴结的鉴别较容易，是盆腔肿瘤、炎症、子宫内膜异位症、转移癌、前列腺癌等病变的最佳影像学检查手段。
　　10、四肢、关节病变：对四肢骨骨髓炎、四肢软组织内肿瘤及血管畸形有良好的显示效果。MRI可清晰显示软骨、关节囊、关节液及关节韧带，对关节软骨损伤、关节积液等病变的诊断具有其他影像学检查无法比拟的价值。在关节软骨的变性与坏死诊断中，早于其它影像学方法。
　　二、临床和科研高级应用
　　1、中枢神经系统
　　（1）血管性病变：超急性期和急性期脑梗塞的显示和评估，不同B值的弥散像，弥散和灌注结合半暗带的评估指导早期的溶栓治疗，MRS中NAA、Lac峰随时间的动态变化。脑血管畸形3D-TOF、3D－PC MRA和CE-MRA的诊断价值和评价。
　　（2）外伤性疾病：弥漫性轴索损伤用弥散、MRS及各种常规成像序列的综合的动态的评价及对预后的预测。T2Tirm序列对少量的硬膜外、硬膜下出血、少量蛛网膜下腔出血显示的灵敏性，GRE T2*像对脑挫裂伤、弥漫性轴索损伤及脑内少量出血显示的灵敏性。
　　（3）肿瘤性病变：弥散像ADC对脑内、脑外肿瘤的诊断和鉴别诊断， MRS不同类型肿瘤代谢产物的差别，MRS与Perfusion或两者结合对肿瘤分级研究，fMRI对运动功能区、运动语言功能区、视皮层区附近的肿瘤术前定位，MRS、动态增强、Perfusion或三者间的结合对术后及放化疗后肿瘤复发的判断。
　　（4）感染性病变：增强、MRS、Diffusion对脑脓肿的诊断和鉴别诊断，HIV继发的颅内感染可采用MRS、Diffusion 的研究和分析。
　　（5先天性病变：MRS和Diffusion能提供更多的诊断和鉴别诊断的信息。
　　（6）变性和代谢性病变：癫痫病人海马体积的测量、MRS局部代谢产物的变化、多发性硬化的增强扫描、MRS、ADC值的变化。肝性脑病图像基底节区信号的改变及MRS。
　　（7）新生儿缺血缺氧脑病：MRS、弥散对其神经病理生理改变、神经病理、预后判断提供更多的信息。
　　（8）FMRI对不同语言的学习和记忆、脑认知功能的研究，对各种强度不同感觉的刺激，不同形式的痛觉的刺激脑激活区定位的研究，不同穴位、不同频率针灸脑激活区的范围和分布。
　　（9）脊髓病变：弥散ADC值诊断早期脊髓病变。
　　（10）增强的应用：脑膜病变，怀疑转移瘤应增强且该用双倍剂量，怀疑垂体微腺瘤应行动态增强检查，脑内和脊髓的MS（多发硬化）应行增强检查。
　　2、头颈部
　　（1）眼眶病变： 3D-FSPGR序列＋脂肪抑制技术，在眶内病变中诊断和鉴别诊断的应用，提高病变诊断率。
　　（2）颅底神经血管关系的评价 ：3－D Fiesta序列结合增强的FSPGR序列对前庭神经、耳蜗神经、面神经的显示，TOF-FSPGR序列对血管和神经关系的显示。
　　（3）颌关节:：TMJ常规磁共振成像方位为倾斜冠状位和倾斜矢状位。矢状面单层多时相动态成像，可用电影显示模式诊断半月盘病变及其功能性病变，可以替代颞颌关节造影。
　　（4）鼻咽部： 增强确定鼻咽癌的大小、范围及浸润深度；显示颅底的侵润和转移；动态增强用于鼻咽癌治疗后鉴别复发和放疗后纤维化， MRS、灌注、弥散对复发能提供更多的诊断和鉴别诊断的信息。
　　（5）颈部：颈动脉粥样硬化斑块的MRI研究。
　　（6）睡眠呼吸暂停综合症气道狭窄部位的显示和确定，治疗前后气道容积的定量测量。
　　（7）颈部和鼻窦的肿瘤磁共振波谱研究。
　　3、脊柱
　　增强MRI＋脂肪抑制技术对术后硬膜外纤维化与不强化的复发的或残余的间盘疝鉴别、对原发性硬膜外肿瘤和转移瘤的诊断提供帮助。
　　4、胸部
　　（1）胸腔和纵隔肿瘤：Fiesta或Fastcine序列对纵隔肿瘤和中央型肺癌的诊断和分期提供更多更明确的信息。
　　（2）乳腺肿块：动态增强、弥散ADC值、MRS结合常规的MR成像基本上能明确良恶性乳腺肿块诊断, 乳腺癌的分期以及术前评价 。
　　5、心脏
　　（1）心脏形态学：黑血（Double－IR、Triple-IR）和亮血（Fista、Fastcine）技术对心肌病的诊断、对瓣膜和流出道病变的诊断。
　　（2）冠心病心肌活性的评价：心肌灌注（静息、负荷状态下）、延迟增强判心肌的存活、指导治疗方案的确定及治疗效果的评估。
　　6、腹部
　　（1）肝脏结节病灶：动态增强扫描及灌注成像、弥散ADC值、EPI序列及肝脏特异性造影剂如菲立磁等的应用提高诊断的灵敏性和特异性，有助于肝内良恶性占位的鉴别，较小的隐匿性病灶的检出，肝癌可切除性及预后判断。
　　（2）肝移植术前、术后动脉系统、门静脉系统、肝静脉系统、胆道系统的评价。
　　（3）胆道系统：MRCP可显示正常胆系及变异，结合常规及动态MRI可对胆系良恶性梗阻进行准确定位及较准确定性诊断。
　　（4）胰腺：动态增强成像加脂肪抑制及MRCP的结合对胰腺炎性疾病和肿瘤的显示及鉴别能提供较多的帮助。
　　（5）小肠病变水、气成像＋ 增强具有较高的诊断灵敏性。
　　（6）肾脏：动态MR增强加脂肪抑制可精确鉴别肿块病变的位置是肾内、肾外还是腹膜后，在肾癌分期中对肾周及血管累及的评价优于CT，动态MR扫描肾皮、髓质信号随时间的改变可评价肾功能的情况。
　　（7）肾上腺：磁共振双相扫描、动态MR增强检查对大多数肾上腺肿瘤、恶性肿瘤及嗜铬细胞瘤可作出鉴别。
　　（8）前列腺癌：腹部或盆腔的专用相控阵线圈＋直肠内线圈的前列腺成像对前列腺癌具有极高的诊断灵敏性和特异性。
　　7、肌肉骨骼系统
　　（1）关节软骨：T2*+脂肪抑制技术、FSPGR＋脂肪抑制技术、质子密度像＋脂肪抑制技术几种技术对软骨显示评价。
　　（2）类风湿关节炎：动态增强和软骨显示技术相结合对早期诊断和病理变化的临床研究。
　　（3）疲劳性骨折磁共振的研究。
　　（4）MR增强检查对骨转移敏感性近似于核素扫描，特异性高于ECT，可以区别肿瘤、无菌性坏死以及副交感神经营养不良性骨改变，可大致区分骨肿瘤的组织学类型，可区分治疗后(放疗或化疗)改变与肿瘤复发。
　　（5）强直性脊柱炎骶髂关节的成像。
　　（6）肩袖的撕裂、肩关节挤压综合征。
　　（7）骨髓肿瘤治疗前后信号变化的研究。
　　8、精神疾病
　　（1）躁狂症、精神分裂症：边缘系统的MRS。
　　（2）抑郁症某些边缘系统的定量测量，MRS的初步应用
　　（3）血管性痴呆、老年痴呆边缘系统体积定量测量，脑组织多个部位的MRS。
　　9、MRA和CE-MRA
　　（1）2D―TOF―MRA用于矢状窦、乙状窦的静脉血管成像，3D―TOF、3D－PC神经系统血管病变可用于显示动脉瘤、血管狭窄和闭塞、动―静脉畸形及其供血动脉和引流静脉。
　　（2）CE-MRA在神经系统、骨骼肌肉系统、腹部等脏器可显示肿瘤血管的血供情况及肿瘤压迫邻近血管结构并使之移位的图像，为外科手术方案的制定提供更多的信息。
　　（3）CE-MRA在夹层动脉瘤、肾动脉狭窄、脊柱血管畸形、下肢大范围血管病变、门脉血管成像等方面具有极高的临床应用价值，具有极高的性价比。
　　10、磁共振水成像技术
　　包括磁共振胰胆管成像(MRCP)、磁共振泌尿系成像(MRU)、磁共振椎管成像(MRM)、磁共振内耳成像、磁共振涎腺管造影、磁共振泪道造影、磁共振脑室系统造影等。磁共振水成像技术作为一种安全、无需造影剂、无创伤性的影像学检查手段，在某种程度上代替诊断性ERCP、PTC、IVP、X椎管造影、X涎管造影、泪道造影等传统造影检查手段。
　　（1）磁共振脑脊液造影：正常脑室系统的显示、导水管狭窄、梗阻性病变的显示。
　　（2）磁共振鼻泪管造影技术：鼻泪管闭塞多发生在近端，MR鼻泪管造影可以显示泪囊扩张、狭小以及鼻泪管内充盈缺损，后者多为肿瘤所致。
　　（3）磁共振内耳迷路造影技术：内耳先天异常 ，前庭导管综合征，耳蜗导管扩张，迷路炎 ，耳蜗移植时排除手术禁忌证和相对禁忌证。
　　（4）MR涎管造影：评价涎管扩张、涎管狭窄、创伤性涎管损伤、透X线的结石。另外，与常规序列MR成像相结合，可以完整地评价唾液腺实质和涎管。
　　（5）磁共振胰胆管造影技术（MRCP）：显示正常胰胆管结构及其变异；显示胆石症、良恶性胆管阻塞；急慢性胰腺炎、胰腺分离症。
　　（6）磁共振椎管造影：MRM能够显示椎间盘或骨赘与神经根鞘膜、尾丝之间的空间关系，同时，它还可以为外科医生提供一种线路图。
　　（7）磁共振泌尿道水成像技术：对于尿路梗阻的显示率极高，对于输尿管、肾盂、膀胱结石及输尿管良恶性狭窄的显示效果极佳。并可同时显示肾实质及泌尿集合系统，主要用于尿路积水的诊断。