肝胆外科  胆道外科是近年来学科水准上升最快的亚专业，相继获得上海是重点科研项目、国家自然基金、863计划、973计划子课题等资助，强大的基础科研有力地推动了临床的发展，在胆囊癌手术及综合治疗方面建立了明显的特设和优势，从而在国内率先提出并制定胆囊（管）癌综合处理的临床规范。配备ERCP、腹腔镜、胆道镜等完整的肝胆外科诊治设备，对各类胆道疑难杂症以及胆管和胆囊恶性肿瘤的诊治有较深入的研究，每年完成各类胆道手术上千例。ERCP，即内镜逆行胰胆管造影，可显示胆道系统和胰腺导管的解剖和病变，并可在内镜下行胆总管下端oddi’s括约肌切开、取石、置胆道支架等多项治疗，创伤小，在许多方面已替代了传统的外科手术。本科在国内较早地开创了ERCP联合腹腔镜治疗胆囊-胆总管结石的微创手术，至今，ERCP已完成了4千多例，最小患者为14个月，最大为103岁。在全国多个基层医院辅助开展ERCP等微创技术，培养了一批专业人才。
　　胃肠外科  胃癌是最常见的恶性肿瘤之一，其发病率居消化道恶性肿瘤的首位，占全部恶性肿瘤的第3位。胃癌发病隐匿，初期无特殊症状，常和慢性胃炎以及胃溃疡相混淆，易误诊和漏诊。手术切除是胃癌治疗的主要和首选的治疗方案。现代胃癌的治疗是以手术切除为主的综合性治疗。胃肠外科是普外科最大的专业组，床位44张，每月手术量约60台，在胃癌治疗上，积累了丰富的经验，逐渐形成一套完整严密的治疗规范，在继承优良传统的同时，不断创新，手术操作规范、技术精湛，在无瘤操作及淋巴结清扫方面，得到国内外同行的赞许，是“十一五”国家科技支撑计划“胃癌综合治疗临床研究”的成员单位。每年胃癌手术达300余例，并发症少、术后生存时间长，术后生存率逐年提高，早期胃癌术后5年生存率达94％。在完成临床工作的同时，还开展了有关胃癌的基础研究工作，现已完成市级研究课题3项，发表论文30多篇。拥有教授、主任医师、硕士生导师2名，副主任医师3名，博士3名，硕士4名。
　　胰腺外科  是上海交通大学医学院重点建设学科，近6年来，在常规胰十二指肠根治术基础上，成功地施行扩大的胰十二指肠切除术近40例，其中26例施行包括受侵血管（门静脉、肠系膜上静脉）在内的胰腺癌整块联合切除术。胰腺癌手术切除率达70.6％，根治性切除率达50％。获根治性切除者术后1、3、5年生存率分别达68.8％、26.7％和6.3％。局部进展期胰腺癌的根治性切除率和术后生存率已达到国内外先进水平。