首先，妊娠是体外冲击波碎石的绝对禁忌证。因其在碎石过程中发生的电离辐射以及高能冲击均可能对胎儿造成严重影响。

其次，当结石以下尿路有明确梗阻存在时，一般不考虑进行体外冲击波碎石。因为结石即使粉碎了，结石碎片也不可能顺利排出。

第三，基础疾病较重（严重高血压、感染、心律失常等）的患者，宜先控制原发病，再考虑碎石治疗。

第四，对伴有严重肾功能损害的泌尿系结石，一般不考虑直接进行体外冲击波碎石。应该及时进行手术治疗，以尽快去除病因挽救肾功能。

第五，较小的结石（6mm以下）由于自行排出的可能性较大，一般可先考虑排石治疗，必要时选择体外冲击波碎石。

第六，对于有些比较大的（20mm以上）肾盂鹿角形结石在经皮肾镜和输尿管镜的配合下也可以进行体外冲击波碎石。在某些情况下也可选择直接体外碎石但须提前放置输尿管支架，且往往不能一次性把结石粉碎，需要多次碎石才行。

第七，一些位于肾盏憩室内的结石或伴有肾盏开口狭窄的肾盏结石，因其一般不会给患侧肾功能造成严重损害，且冲击后也很难顺利排出，因此也可先定期观察，如结石增大明显或有临床症状发生，再考虑做体外冲击波碎石或其他相关治疗。

此外，对于手术后复发的结石或残余结石，因再次手术比较困难，常常给患者带来更大的痛苦，所以应首先考虑进行体外冲击波碎石。有些输尿管结石患者在急性发作时，如果腹腔内没有肠道气体干扰，为了缩短疗程、缓解症状，也可以考虑急诊进行体外冲击波碎石。