所谓预后是专业术语，也就是指治疗的结果，是广大患者最为关心的问题，简单一点说是能活多长时间，会不会复发，会不会治愈等相关问题。
　　晚期胃肠间质瘤的预后
　　所谓晚期胃肠间质瘤，包括两类：
　　1、是首次诊断就被医生判定无法进行手术切除或已经发生转移的患者。
　　2、是已经切除了肿瘤的患者再次出现复发的患者。
　　对于一个晚期肿瘤的患者，一般情况下治疗结果是令人失望的。比如说胃癌患者，如果是晚期胃癌的患者即使在进行包括化疗、放疗、中医中药治疗，生物治疗的情况下，一般平均（中位）生存时间很难超过1年，而就个体而言则很难超过3年。
　　但是根据美国和芬兰的一项随机、多中心的临床研究（B2222）表明晚期胃肠间质瘤的平均（中位）生存时间为57个月，9年生存率达到35％。所以对于胃肠间质瘤的患者来讲，即使是晚期患者也应抱有足够的自信心，积极配合治疗，这点对于取得良好的治疗结果至关重要！
　　可切除胃肠间质瘤的预后
　　如果首次诊断胃肠间质瘤时医生判断可切除，那么预后一定会比上述晚期胃肠间质瘤要好。在伊马替尼这个靶向药物用于治疗间质瘤之前，所有的可切除胃肠间质瘤患者的平均（中位）生存时间为66个月（注意：仅仅比上述晚期患者服用伊马替尼的治疗结果多9个月），5年生存率为54％，所以医生发现单单依靠手术并不能把所有的患者治愈。
　　在伊马替尼治疗晚期胃肠间质瘤获得良好疗效的基础上，这个药物再次被应用于一部分手术切除后的胃肠间质瘤患者，其目的是为了降低复发，延长患者的生存时间。根据一项包括欧洲4个国家24家医院近400位接受手术切除的胃肠间质瘤患者的随机多中心临床研究（SSGVXIII/AIO）表明，总体5年生存率为92％（术后服用伊马替尼3年）和81.7％（术后服用伊马替尼1年）。
　　而且需要指出的是上述患者是肿瘤比较大，核分裂相比较多，术中肿瘤破裂的高复发风险的患者，而如果可切除的胃肠间质瘤患者根据病理结果被判断为术后复发风险极低、低或中等，则预后更好，可以认为将被治愈（如果运气不是那么差的话）。