比较开胸的迷宫手术而言，微创消融手术的风险要小的多。因为微创消融手术不需要建立体外循环，手术过程当中心脏是跳动的，因而避免了体外循环带来的脑栓塞等并发症，也避免了心脏停跳带来的危险。微创消融手术采用的是肋间的小切口，不用锯开胸骨，甚至不用切断肋骨，避免了术后骨愈合不良的并发症，同时大大减少了切口感染等一系列并发症。
　　比较介入的导管射频消融，微创消融手术虽然属于外科手术的范畴，但其风险仍然要小得多。因为采取直视下的手术操作，避免了消融过程中的误损伤。由于迷宫手术对两侧肺静脉的隔离不像导管消融一样烧灼肺静脉，而是在心房上进行的消融，因而也就避免了导管消融最常见的并发症：肺静脉狭窄。另外，导管消融曾经报道过烧穿心房而导致心包填塞导致患者死亡的病例，而直视下的微创消融手术则没有这种风险，美国的Wolf医生已实施近1000例微创消融手术，无一例出现上述并发症。因此，微创消融手术是一种非常安全，简便而有效的新型外科手术方式。