传统的胸腺瘤手术是采用胸部正中切口纵行劈开胸骨切除肿瘤及胸腺（横断胸骨双侧开胸手术切口已经很少应用），对于合并重症肌无力的病人还要同时清扫胸腺周围脂肪组织，但这样的手术创伤很大，开胸关胸时间长，出血多，术后可能导致并发症如感染、出血、胸骨愈合不良等等。对于巨大胸腺肿瘤或明显外侵的侵袭性胸腺肿瘤采用纵劈胸骨的切口是比较合适的，可以提供足够的视野暴露。但对于比较小的外侵不明显的胸腺肿瘤，尤其术前判断为良性（非侵袭性）可能的胸腺瘤，这样的巨大切口无疑对病人的创伤较过大，因此临床上部分医生愿意选择半劈胸骨手术或一侧开胸行胸腺瘤及全胸腺切除切除术，这样可以一定程度上减少开胸手术入路对病人的损伤。
　　胸腔镜的发展使得人们又多了一个微创的平台，这个平台可以用微小的代价替代劈开胸骨以及肋间切开撑开来带的创伤。并且胸腔镜可以提供良好的视野暴露，可以顺利进行全胸腺切除、胸腺瘤切除及周围脂肪清扫，尤其适用于非侵袭性胸腺瘤的手术治疗，目前不少人主张对重症肌无力病人行胸腔镜全胸腺手术切除取得较好效果。
　　胸腔镜全胸腺切除手术并不复杂，熟习胸腺及周围组织器官的解剖是关键，手术入路根据胸腺位置决定，主体位于左侧的可考虑经左胸手术，更多情况下选择经右胸可以避开主动脉遮挡的可能，采用1个观察孔、2-3个操作孔可以方便地完成操作。手术中可以完整地清除全胸腺，同侧脂肪组织及部分对侧脂肪组织，必要时可以于对侧胸腔戳孔辅助清扫对侧脂肪。胸腺静脉、无名经脉、上腔静脉等显露清晰。术中观察肿瘤包膜是否完整、是否侵及周围组织器官可以帮助判断肿瘤是否具有侵袭性，但准确判断还要依靠术后病理。由于不能完全依赖术中肉眼观察结果，大多数医生不建议单纯的胸腺肿瘤切除。手术创伤小、恢复快、效果佳，为病人提供了更加微创的选择。建议患者在医生指导下选择。但对于严重外侵的胸腺瘤仍以开胸手术为宜。