尖锐湿疣的治疗首先需要去除疣体然后再防止复发。因各种治疗方法疗效个体差异很大，因此尖锐湿疣治疗没有固定统一的方法，每个人应该针对个体选择合适的治疗方法。目前治疗方法分为化学疗法、外科、物理方法、免疫疗法等。包括冷冻、电外科、外科切除、微波、激光及光动力学治疗等，现将各种治疗方法介绍如下：
　　1、外用药物治疗：包括腐蚀性的药物鬼臼毒素、二氯醋酸、三氯醋酸等，上述药物需要在医师指导下使用，孕妇使用的时候要小心。咪喹莫特用于防复发疗效好，对于较大疣体的去除效果较差。
　　2、冷冻治疗：冻治疗的最大好处是局部去除疣体快，但复发率较高在30-70％。治疗过程中会有局部红肿，疼痛及水疱溃疡反应，病人耐受性差。孕妇可以使用。
　　3、激光、电灼治疗：对表浅的湿疣合适；它的特点是见效快，在治疗的当时，疣体即可脱。常用的是二氧化碳激光，烧灼疣体，一般1次即可使疣体脱落。但是，由于激光的光束过于集中的原故，激光治疗只适用于疣体不太大的尖锐湿疣，如疣体较大，则不适合。烧灼创面恢复慢，遗留疤痕，复发率较高。激光治疗见效快，但复发率也高。目前国内有研究激光或电烧产生的烟雾中含有HPV病毒，操作人员和患者吸入带有HPV病毒的烟雾易造成医源性的感染，因此不推荐该方法治疗。
　　4、手术治疗：对带蒂的较大、孤立的疣体可考虑手术切除。尖锐湿疣一般不主张手术切除，因为手术治疗后，很容易复发，使治疗失败。但对带蒂的、较大的疣体或疑有恶变者，可考虑手术切除。为防止复发，术后应该配合其他治疗。
　　5、光动力疗法：疗效确切，清除率高，复发率低，安全无创，不留疤痕。最大的优势是可以清除HPV亚临床感染和潜伏感染病灶，显著降低复发率。特别适合治疗反复复发的尖锐湿疣以及用其他疗法治疗无效的患者。光动力治疗价格高，对于经济困难的患者可以改用其他治疗方法。而且不用医院的治疗水平参差不齐，存在疗效差异。