甲状舌管囊肿一般为直径1--2cm的圆形肿块，肿块大多数位于颈中线，少数可略微偏向一侧，边缘清楚，往往因囊内分泌物充盈紧张，肿块有实质感。肿块可随伸舌运动向上下移动，此为其特征。

未发生感染的病例，囊肿不与皮肤粘着，无压痛，亦不影响吞咽运动。郑州大学一附院小儿外科杨合英

囊肿发生感染时，表现为疼痛、压痛及皮肤发红，向外破溃时流出脓性分泌物，以后在囊肿与皮肤之间形成一条窦道，窦道的开口直径只有1--3mm，位置在中央或稍偏一侧，该窦道形成甲状舌管囊瘘，从瘘口经常排出透明或浑浊的黏液，经过一定时期后瘘口可暂时愈合，但不久之后又自动破溃，如此可长年累月反复的时愈时破。

甲状舌管囊肿在诊断确定后，应争取在感染发生前手术切除。无感染的囊肿可于病儿2岁后手术，因囊肿蒂部与舌骨相连，瘘管多通过舌骨的中央，手术中应切除舌骨中段1cm，这样可以避免瘘管细小分支的残留而导致复发。