所谓整体医学是相对于现代主流的以还原论为基础以实验分析为特征将人体按照解剖学的器官系统进行分科、分类进行研究和临床治疗的西方医学而言的。人的疾病并非是按照解剖学的器官系统发生并演进变化的，按照这一理念临床医生都成了各科的“专家”，都成了铁路警察――各管一段。
　　整体医学的思想基础是整体论，方法是实用化研究方法。是将人看做一个整体，其五脏六腑功能之间是相互联系相互制约的，人的任何一种状态都是脏腑功能相互作用的合力的一种结果、一种外现。
　　整体医学不但将人看做一个整体，而且将人看做自然界的一份子，即所谓的天、地、人三才三位一体，自然环境的变化影响着人的健康和生存状态，人类的活动也影响着自然的状况，自然与人之间的影响是互动的。这也是以东方科学文化为基础的中国传统医学的核心理念。
　　所谓人是人体、信息、能量三位一体的总称，没有信息只有人体和能量是植物人，没有能量和信息那是尸体而不是人。所谓功能医学是在人体形态学基础上的能量和信息间关系的研究，而整体医学研究的不但是人体、信息、能量三者的关系而且研究的是自然与三者之间的关系。
　　整体医学这个名词不论是在古希腊、古印度还是古代中国，均古已有之。现代整体医学则是基于复杂性科学的理念与方法，将古代传统医学的整体观念与现代科学的实证方法有机结合的全新的医学体系。其超越了现代科学发展的初级阶段――牛顿力学阶段，即简单科学阶段以循证原则和还原论为基础的当前西方医学的主流发展模式，是与现代科学文化发展最新理论――量子引力阶段相吻合的未来医学发展的方向。