通常少突胶质细胞瘤能够显示特异性的基因改变，借此可以与其他类型胶质瘤进行区别。
　　1、染色体1p和19q的杂合性缺失：少突胶质瘤最常见的基因改变是19号染色体长臂（ 19q）杂合性缺失
　　其发生率为75％-80％,其常见缺失区位于19q13. 3; 另外1号染色体短臂（ 1p）杂合性缺失也较常见
　　发生率为75％-90％。1p和19q发生联合性缺失的发生率约为60％-70％。而这种缺失，在其他类型胶质瘤， 特别是星形胶质细胞瘤却不多见。
　　2、少突胶质细胞转录因子
　　少突胶质细胞转录因子Olig1和Olig2是少突胶质细胞的家族基因，不仅在成体细胞中表达，也在少突胶质细胞前体中表达，表达具有专一性。Olig1和Olig2作为少突胶质细胞瘤的特有转录因子
　　可以对少突胶质瘤进行更准确的诊断， 特别是与星形胶质细胞瘤进行鉴别诊断。