唇腭裂是口腔颌面一种先天性发育畸形，是在母体内胚胎发育时期形成的。胎儿在发育过程中，特别是胎儿发育成形的前12周，若受到某种因素的影响而使各胚突的正常发育及融合受到阻挠时，就有可能使胎儿发生不同的相应畸形。
　　目前引起胚突发育和融合障碍的确切原因和发病机理尚未完全明了，可能为多种因素的影响而非单一因素所致。
　　根据大量的研究结果表明，可能的因素如下：
　　1、遗传因素：
　　有些唇腭裂的患者，在其直系亲属或旁系亲属中可发现类似的畸形发生，因而认为唇腭裂畸形与遗传有一定的关系。遗传学研究还认为唇腭裂属于多基因遗传性疾病。
　　2、营养因素：
　　各种原因造成妇女怀孕期间维生素的缺乏也可能导致先天性畸形的发生。
　　3、感染和损伤：
　　临床发现，母体在怀孕初期如遇到某些损伤，特别是引起子宫及邻近部位的损伤，如不全人工流产或不科学的药物堕胎等均能影响胚胎的发育而导致畸形。
　　母体在妊娠初期，罹患病毒感染性疾病如风疹等，也可能影响胚胎的发育而成为畸形发生的诱因。
　　4、内分泌的影响：
　　在妊娠期，如孕妇因生理性、精神性及损伤性等原因，可使体内肾上腺素分泌增加，从而诱发先天性畸形。
　　5、药物因素：
　　多数药物进入母体后都能通过胎盘进入胚胎。有些药物可能导致畸形的发生，如：环磷酰胺、甲氨蝶呤、苯妥英钠、抗组织胺药物、敏克静、沙立度胺等均可能致胎儿畸形。
　　6、物理因素：
　　胎儿发育时期，如孕妇频繁接触放射线或微波等有可能影响胎儿的生长发育而导致唇腭裂的发生。
　　7、烟酒因素：
　　流行病学调查资料表明：妇女妊娠早期大量吸烟（包括被动吸烟）及酗酒，其子女唇腭裂的发生率比无烟酒嗜好的妇女要高。