扁桃体在身体免疫系统中扮演的角色目前正在研究中。一般认为扁桃体在少年时期起着抵抗疾病的作用。研究表明，扁桃体内含有直接杀死病原的自然杀伤细胞。而且，扁桃体组织能分泌一种免疫球蛋白称为IgA，同时扁桃体内的白细胞也能分化为分泌抗体的细胞。

　　很多人会问的是扁桃体切除后是否会降低免疫力？其实就像之前分析的，在5至6岁以后，扁桃腺之免疫功能已逐渐被其它器官所取代，所以这点倒是不用担心。

　　必须强调的是并非耳鼻喉科医师喜欢建议病人做扁桃腺切除术，而是医师根据病人之病情分析来衡量是否应动手术，当然决定权在病人，如前述之手术适应症只有第一条之过于肥大，造成呼吸不顺并严重影响心肺功能者为绝对必要之立即手术适应症，其它的为相对适应症。当然若小儿科或内科医师认为病人之心脏病、关节炎或肾炎与扁桃腺感染有强烈之关联性，则扁桃体切除亦是有其必要性的。