在胚胎第三周末，后肠末端膨大与前面的尿囊相交通，形成泄殖腔。泄殖腔的尾端被外胚层的一层上皮细胞膜所封闭，成为泄殖腔膜，使与体外相隔。第四周位于泄殖腔与后肠间的中胚层皱襞形成并向尾侧生长，同时间充质于泄殖腔二侧壁的内方增生形成皱襞，向腔内生长，这些构成尿直肠隔，将泄殖腔分为前后两部分，前者为鸟生殖窦，后者为直肠。

　　同时泄殖腔膜也被分为前后两部分，前者为尿生殖窦，后者为肛膜，从第五周开始，肛膜处形成肛凹，且逐渐加深接近直肠。第7-8周时，两层膜先后破裂。肛膜破裂后便与直肠想通，形成肛门。至胚胎发育第9周，肛门直肠及其周围肌肉组织发育完成。胚胎第4个月时会阴向前后方迅速增长，最后使肛门后移到通常位置。

　　综上所述，肛门直肠发育形成在胚胎前3个月基本完成，预防肛门直肠畸形需在孕早期预防。