肛门直肠畸形的发生是正常胚胎发育期发生障碍的结果。引起肛门直肠发育障碍的原因，目前尚不清楚。近年来很多学者认为肛门直肠畸形与遗传因素有关。有家族史发病史者占1％-9％。研究表明与位于6号染色体短臂的HLA基因有关，HoxA-13和HoxD-13可能是致病基因之一。

　　国外有人研究给妊娠早中期的大白鼠吸入氯仿，或经胃管注入乙烯硫脲，或向腹腔注射视黄酸，或者服用阿霉素等，均可使母鼠产生肛门直肠畸形的鼠仔，畸形发生率高达30％-90％，畸形类型及病理改变与人类的肛门直肠畸形相似，提示服用这些药物可引起后代致畸。