使用原则：根据大便检测结果选用，哪类菌群减少，则补充该类菌群；尽量停用抗生素，

抗生素对微生态制剂中的活菌有杀灭作用，两者一般不宜同时使用，如果非用抗生素不可，应选用不受抗生素影响的微生态制剂，如乐托尔、亿活等；如果无合适的制剂可供选择，应尽可能将两类药物的服用时间间隔长些。一般来说，微生态制剂（生理性真菌如亿活等除外）可与抗真菌制剂同时使用。复合菌制剂比单一菌效果好些。微生态制剂应与其他疗法配合使用：微生态制剂常与病因治疗或对症治疗配合使用，即使是单纯的肠道疾病，可能也需配合作用解痉、止泻、补液等治疗。合理使用抗生素原则：尽量使用小剂量，用小剂量就能达到目的，则不用大剂量；尽量使用窄谱抗生素，用窄谱抗生素能取得疗效，则不用广谱抗生素；尽量避免口服，对全身和肠道外感染，尽量不口服给药，采用注射途径给药；尽量保护厌氧菌，无证据表明是厌氧菌感染，应尽量不使用对厌氧菌有杀灭作用的抗生素；尽快恢复肠道微生态平衡，如果使用抗生素扰乱了肠道微生态平衡，应尽快服用微生态制剂，恢复微生态平衡。浙江大学医学院附属儿童医院消化内科楼金

传统观点认为益生菌制剂是相当安全的，近几年文献报道心内膜炎、菌血症、血液、局部感染灶中检测出双歧杆菌、乳酸杆菌等。益生菌制剂的安全性的影响因素有：（1）益生菌的致病性及感染性：益生菌一般没有致病性，但在细菌移位后可能会致病，一般患者服用益生菌后不会发生细菌移位，但在使用免疫抑制剂、免疫缺陷病人、悉生动物，则可能会发生（2）代谢物的毒性：双歧杆菌、乳酸杆菌目前没有报道有致病物质产生，但Jett 等（1994）报道Enterococcus可以产生引起细胞裂解的物质（3）传递耐药质粒问题：粪肠球菌传递万古霉素耐药质粒（4）益生菌有血小板聚集作用、粘膜降解作用。