结石形成病因十分复杂，至今仍有一些问题未解决。归纳起来，与全身代谢、泌尿系局部感染内环境和饮食因素有密切关系。近些年来，有些学者将结石分为两大类，即代谢性结石和感染性结石。尿液含有很多种成份，大体上可分为晶体和胶体物质，晶体物质包括草酸钙、磷酸钙、磷酸镁铁、尿酸、尿酸盐、黄嘌吟和胱氨酸等，胶体物质主要是指粘蛋白和粘多糖类。结石形成时，一般先有一个核心，然后尿中晶体和胶体围绕这一核心沉积增大而成。细胞碎屑、血块、坏死组织、细菌以及体外异物均可作为核心而形成结石。

       常见病因有：①泌尿系感染、尿路梗阻和异物等因素；②全身因素如钙、磷、尿酸盐、草酸盐的代谢异常、长期饮水不足、长期卧床等因素；③甲状旁腺功能亢进；④气候与地理条件；⑤饮食和营养；（一）环境因素自然环境的不同，如地区和气候条件的差异，如炎热的地区可因出汗多导致尿液浓缩，水中钙质成分的增加也是结石形成的一个因素。
　　社会条件的影响，如动物蛋白摄入过高使儿童膀胱结石较多。水果、蔬菜丰富的地区草酸盐类结石增多。另外，非洲少数贫困地区膀胱结石多见。
　　（二）个体因素（1）遗传因素：常染色体遗传所致的肾小管功能障碍，先天性酶缺乏等都是与结石形成关系密切的一些遗传疾病。有结石病患者的家族中往往发病率较高。
　　（2）疾病：如甲状旁腺亢进、皮质醇增多症、溶骨性骨肿瘤甚至长期卧床等都有诱发结石形成的可能。
　　（3）其它代谢异常：除一些先天性或后天性疾病引起的代谢异常外，还有一些原因不清楚的代谢异常，如特发性高尿钙、特发性高尿酸等。
　　（4）饮食习惯和机体的适应能力：不喜欢喝水的人结石发生率升高。多食乳品增加钙的吸收，多食肉类使尿中尿酸增多，大量食用菠菜或酸菜、果糖饮料可增加尿中草酸的排量，多饮咖啡会使尿中的钙增加，这些因素都有增加结石形成的可能。有的人由于长期住在非原生地而得了结石，也有因为精神压力大而患结石的。
　　（5）药物：长期服用乙酰唑胺（治疗青光眼的常用药）、皮质激素、磺胺和阿斯匹林，维生素D中毒，大量口服维生素C（可转变为草酸）等均可发生结石。
　　（6）尿路因素：患前列腺肥大病人由于排尿不畅，残余尿量增加，使膀胱结石生成机会增加。输尿管先天狭窄致肾盂积水易形成肾盂及输尿管结石，同时结石阻塞尿路又使结石生长加快。