本病的发病机制尚不十分清楚，一般认为与颈部软组织，尤其是咽后壁感染有关。颈部软组织感染扩散浸润致颈椎关节，引起颈部肌肉挛缩，关节囊松弛，使正常关节的对位发生旋转或侧方移位，齿状突后移至脱位；也有学者推测机制为炎性水肿，造成寰椎横韧带扩张，寰枢关节不稳定；另外，正常情况下小儿颈椎韧带比成人更松弛，双侧侧块小关节较成人呈水平位，致使上下关节面之间不易有效制约，容易发生旋转移位。有的专家认为，半脱位一旦发生，椎旁静脉回流受阻，加强颈部软组织肿胀，使保护性的半脱位发生固定而不易复位。
　　寰枢椎半脱位如果处理不当或头部受到轻微外伤，如旋转、打喷嚏、乘车时突然刹车等，都可使脱位加重，甚至可能造成脊髓损伤，发生严重瘫痪和呼吸停止而死亡。