对于甲状腺结节良恶性的区分，目前最重要的两个辅助检查就是甲状腺B超和细针穿刺活检（FNA）。虽然甲状腺B超对于区分甲状腺结节良恶性的准确率较高，但其不是确诊标准，仍存在一定的偏差，所以NCCN指南推荐对于B超高度可疑的结节先行FNA细胞学诊断。1982年，一项国外的研究表明，术前未经FNA明确诊断的甲状腺结节中只有14％术后确诊为甲状腺恶性肿瘤；而2007年的一项研究则肯定了可疑甲状腺结节术前FNA的必要性，截至2007年，术前行FNA的甲状腺结节中恶性肿瘤比例已经超过50％（随着超声技术的发展，现今B超诊断的准确性已经较上述两项研究时期有了显著的提高）。
　　甲状腺术前活检术主要包括两种细针穿刺（FNA）及粗针穿刺（CNB）。因为FNA不需局麻、病人耐受良好、操作相对简便、对结节要求较宽松、具有更高的成本效益，所以FNA被广泛应用。2009年也相应建立了FNA细胞诊断学标准――《The Bethesda System for Reporing Thyroid Cytopathology》。即使FNA有如上诸多优点，但它仍存在自己的局限性。
　　最主要的不足就是比较容易得出不明确的诊断。顾名思义，细针穿刺的针头较细，创伤及不适更少，病人更易耐受，但也正是因为穿刺针较细，所以无法得到组织块而只能得到细胞，这也就限制了FNA诊断的可靠性。如果穿刺吸取物中细胞数量不足、较多血液、涂片过厚、未及时涂片等原因均可造成无法诊断（nondiagnostic），而这种nondiagnostic发生率可达2％-20％。另一种无法明确诊断的情况为Atypia of Undetermined Significance（AUS），发生率为3％-6％。例如：甲状腺滤泡腺癌，需要明确血管或包膜侵犯的证据才能确诊，这是细胞学诊断无法做到的，而CNB穿刺获得组织块则可能弥补上述缺点。
　　指南建议诊断为nondiagnostic及AUS的患者视情况定期随诊复查B超、重复FNA（rFNA）或接受手术治疗。而近期国内外均有较多研究比较FNA/rFNA和CNB对于诊断甲状腺结节的敏感性及准确性，并且几乎都得出了相近的结果：CNB较FNA/rFNA有较高的准确性，对于恶性结节有更高的敏感性。但是由于CNB需要局麻、创伤相对较大、病人耐受较差、操作更复杂、培养周期较长、对结节要求更加苛刻，所以其应用收到了明显限制。
　　基于上述结果，目前FNA仍然是术前诊断甲状腺结节的一线活检方法，对于FNA未得到明确诊断的患者，CNB相对rFNA是更好的诊断手段。
　　经常有患者在门诊及病房问及FNA及CNB操作后并发症的问题，目前仅偶有文献报道FNA/CNB后甲状腺内出血急需手术或穿刺道癌转移的个例，未发现关于操作后大宗穿刺道癌转移的文献报道。多数患者活检后未出现任何并发症，或仅存在可接受的穿刺旁血肿形成，所以以上两种活检术是相对安全可靠的。