牙周病的治疗是一个系统的过程，一般来说分为四个阶段进行治疗：
　　第一阶段：基础治疗 是针对病因的治疗，也就是去除菌斑、牙石这些引起炎症的因素，主要是通过龈上洁治术（洗牙）、龈下刮治术和根面平整术，洗牙仅是牙周治疗的第一步。
　　第二阶段：手术治疗 在控制炎症后为了解决一些因为疾病出现的软组织和硬组织的缺陷，可以将牙龈瓣翻开，直视下进行彻底的清除感染组织，而且可以纠正牙龈及骨的外形，植入自体骨或骨替代材料以及生物膜以期获得牙周组织的再生。
　　第三阶段：修复正畸治疗 对于牙周病引起的牙齿缺失，通过修复手段来治疗。对于牙排列不齐或错合者，也可进行正畸治疗，以建立稳定的平衡合。
　　第四阶段：维护治疗 主要通过定期复查以维持疗效，这是正规的牙周系统性治疗计划中不可缺少的部分，它是牙周疗效得以长期保持的先决条件。