眼药膏、眼药水都是治疗眼病常用的外用眼药之一。在临床使用方面，两者的适应症有所不同，使用时所能起到的疗效也有所差异。眼药膏可点入眼睑的结膜囊内，作用均匀，在晚间或睡前使用效果持久。由于眼药膏内含油性基质，点入眼内，可以起到保护泪膜的作用，减少泪液过度蒸发。重度干眼症或暴露性角膜炎，用眼药膏能更好地达到保护泪膜的目的。此外，眼药膏的油性基质还能起润滑作用，减少眼睑内面与角膜表面的摩擦，如有角膜或结膜溃疡，手术后缝线头暴露，涂入眼药膏能缓解摩擦感。
　　而眼药水虽然渗透性强，但在润滑眼睑、保护泪膜等方面都不如眼药膏效果好，其有效时间也比药膏稍弱一些。
　　同时，眼药膏比同类的眼药水吸收慢，因而可以缓解一些作用强的药物副作用。例如，将阿托品眼药水滴入眼内，吸收快、作用强，常用于儿童散瞳验光，或有葡萄膜炎的患者用作散瞳。若使用不当，可很快通过结膜、泪囊、鼻泪管处吸收，引起血管扩张，面部潮红，心率加快，口干渴等不适。改用阿托品眼药膏睡前点入眼内，既能达到强力散瞳孔、麻痹睫状肌的目的，又可避免发生上述的副作用。
　　眼药膏也有它的不足之处。比如，眼药膏不宜白天使用，因为使用后，油性基质溢至眼睑皮肤，外观不雅。另外残留于角膜表面，影响看东西的清晰程度。其次，急性细菌性结膜或角膜炎症不宜使用眼药膏。因为涂眼药膏后，会形成结膜囊密闭环境，散热差，局部温度高，利于细菌的生长繁殖，从而可能加重病情。
　　因此，老百姓在选择眼药膏或眼药水时，应该要注意根据不同疾病的不同症情，这样才能发挥药物的最佳疗效。