囊肿彻底切除肝管空肠Roux-Y吻合术是根治胆总管囊肿的标准术式，术后效果良好。Yamataka等对手术治疗的210儿童患者和100成人患者进行了追踪调查，发现9.0％儿童患者和42.5％成人患者发生了术后并发症,儿童的术后并发症的发生率比成人的低( p<0.0001)，说明早期手术非常重要。儿童患者术后出现25种并发症，包括胆管炎、肝内胆管结石、胰腺炎、胰腺末端胆总管或胰管结石及肠梗阻等。而成人患者术后有27种并发症。而进行了术中内镜检查清除蛋白栓或结石的患儿却没有术后并发症发生。5岁后接受手术的患儿中只有14.5％胆道系统发生结石，而17.5％的成人病例有结石形成。发生术后并发症的患儿，15例进行了再手术（4例进行了肝管空肠吻合口扩大成形术，1例进行了经皮肝穿刺胆道造影及取石术，2例进行了胰腺内胆总管残端切开取石术，1例进行了壶腹部乳头内镜检查术，1例进行了胰管空肠吻合术，6例进行了开腹肠梗阻解粘连松解除术）。
　　术后胆管炎和肝内胆管结石的发生与吻合口、胆总管或肝内胆管的狭窄程度关系密切。吻合口狭窄可以导致严重的肝总管的粘膜剥脱和肝内胆管炎症迁延并导致胆汁淤积。为避免吻合口再狭窄应选择在肝门水平进行肝管空肠吻合术。切除肝总管的狭窄段后，沿肝管的前壁切开扩大肝管开口进行吻合。