2000年，Peron等通过分析含有8102个基因的互补DNA（cDNA）芯片将乳腺癌分为5型，即管腔上皮A型（luminal A，表达正常乳腺管腔上皮激素受体、细胞角蛋白和相关基因）、管腔上皮B型（luminal B，较A型激素受体水平更低，部分病例为HER2阳性）、HER2 过表达型、基底样型（表达乳腺上皮基底样或干细胞相关基因）及正常乳腺样型。除最后一类被认为可能产生于组织污染，其后的大量研究均从临床实践、患者预后及治疗反应等方面充分证实了这些分子类型的特异性。利用IHC技术分型 继乳腺癌分子分类问世后，人们尝试以简单实用的IHC代替复杂的GEP技术进行乳腺癌分子分型。IHC分类计划多建议采用6种抗体组合进行乳腺癌分子分类，包括雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）、HER2、CK5/6、表皮生长因子受体（EGFR）和Ki-67（细胞增殖指数）。

       Luminal A 型：是乳腺癌最常见的分子亚型，发病率为44.5％- 69.0％。ER 和/或 PR +，Her-2 C，预后最好。内分泌治疗效果最佳。常采用内分泌治疗（±化疗）。 绝经前常选择三苯氧胺，药物性去势药物诺雷德， 绝经后常选择芳香化酶抑制剂如阿那曲唑、来曲唑等。

       Luminal B 型：luminal B 型为7. 8％，ER 和/或 PR +，Her-2 +，内分泌治疗仍有效，预后较好。Luminal B 型乳腺癌由于HER2 表达阳性, 对他莫昔芬的反应性低于luminal A 型, 但改用其他作用机制的内分泌治疗仍有效。治疗常采用化疗+内分泌治疗+靶向治疗。

       Her-2过表达型：发病率为14. 7％，ER 和/或 PR C，Her-2 +，内分泌无效，化疗效果较好，并且是HER2 靶向治疗药赫塞汀治疗的适应病例，HER2(+) 型乳腺癌对于环磷酰胺联合蒽环类(AC) 化疗方案的疗效明显优于luminal 型, 前者的临床缓解率可达70％, 而后者为47％。该型虽然对化疗较为敏感,临床预后较差。常采用化疗+靶向治疗，使用1年赫赛汀治疗能使复发相对风险降低52％，3年无病生存增加12％。

       Basal-like 型：发病率为17.1％，ER 和/或 PRC，Her-2C，内分泌无效，化疗效果好，预后最差。其转移多发生于内脏及中枢神经系统。治疗选择化疗。在接受术前新辅助化疗(AC) 的乳腺癌患者中, 具有较高的总反应率及病理缓解率, 85％的患者出现临床缓解,其中27％达到病理完全缓解, 明显高于luminal 型乳腺癌。虽然对术前新辅助化疗敏感,病理缓解率高, 但在乳腺癌的分子分型中, 其预后仍最差。