上海九院辅助生殖科由中国著名的组织工程学家，973首席科学家曹谊林教授发起成立的，主任匡延平。2003年开始接诊病人，当年建成上海第一株、中国第四株人类胚胎干细胞。2006年通过卫生部专家的评审，一次获准正式运行体外受精-胚胎移植、卵泡浆内单精子显微注射及相关的人类辅助生殖技术。
　　自评审通过后，九院辅助生殖科把“安全、高效、少干扰”作为全科的奋斗目标，学科获得快速发展，每年取卵周期数以50％的速度递增，该科有多项原创、先进的技术：
　　1、2006年发明输卵管积水栓堵治疗法，使输卵管积水的治疗更加简单，很多病人因这项技术免除了的输卵管切除的痛苦和可能的并发症。
　　2、2006年率先在中国开展自然周期、微刺激试管婴儿技术，是中国自然周期、微刺激试管婴儿技术的开拓者、推广者，在这一领域有许多创新性的成果。先后发明来曲唑轻微刺激技术、HMG后置克罗米芬促排卵、2000单位HCG诱发排卵、以雌激素下降预测自然周期排卵时间、紧急取卵技术等。2008年5月10日匡延平主任在峨眉山的一个全国性大会上作了“微刺激――从克罗米芬到来曲唑”的演讲，这是国内辅助生殖界第一个关于轻微刺激的演讲，从2008年开始上海九院每年主办轻微刺激的全国性学习班，向国内外的同行介绍最新的研究成果，推动了中国辅助生殖技术的发展。
　　3、2006年底在国内第一个放弃慢速冷冻技术，全面开展玻璃化胚胎冷冻，并不断地把这一技术向全国推广，九院辅助生殖科研制的胚胎玻璃化冷冻试剂和操作方法被全球著名的IVF试剂专业生产厂家Origio公司生产，并向全球销售，得到同行的好评。这是中国大陆学者研制的唯一一个试管婴儿试剂。九院辅助生殖科在胚胎冷冻技术、冷冻胚胎移植的内膜准备、胚胎-内膜时间的严格同步方法、冷冻胚胎移植后简化的黄体支持方法等方面有许多创新性研究，使得冷冻胚胎移植的效率大大提高、方法简化、更加符合病人的生理。
　　4、九院辅助生殖科在大量研究的基础上，于2011年在业界第一个提出“以冷冻胚胎移植为核心的IVF策略”，并于2011年三月全面停止刺激周期的新鲜胚胎移植，自此以后，移植成功率进一步提高，每月的移植妊娠率维持在50％附近，由于采用冷冻移植，促排卵方法进一步简化，注射次数减少，费用大幅降低，几乎没有卵巢过度刺激，试管婴儿技术在九院辅助生殖科成为更加安全的技术。采用冷冻胚胎移植后，宫外孕的发生率大幅降低，进一步提高了辅助生殖技术的安全性。
　　5、2011年研制出稀少精子冷冻技术，解决了稀少精子冷冻容易丢失、存活率低的难题，这项技术对于睾丸穿刺精子的冷冻非常有用，最大限度的避免了反复睾丸穿刺。2011年研制出模拟人卵泡浆内单精子显微技术（ICSI）的小鼠卵ICSI模型，这是自1992年人ICSI技术诞生以来首次用人类ICSI方法在小鼠卵模拟成功，这个技术被RBM 杂志发表，并作为封面截图，杂志主编专门发文给予高度点评，认为这项技术对于人类ICSI的研究有重要意义。
　　6、经过四年的研究，2012年研究出一种新“黄体期促排卵”方案，使得黄体期“即排卵以后”促排卵成为一种高效、简单、费用低廉、安全的促排卵方案，可以广泛应用于临床，这是促排卵技术的革命性进展。
　　7、2012年研制出一种新型取卵针，截面只有目前取卵针的四分之一，应用于临床后，可以大大减少取卵的疼痛和出血。
　　8、九院辅助生殖科真正做到以病人为中心：不设专家门诊、不限号、病人选择医生、主管医生负责制等，采取各种措施方便病人就医，简化就诊流程，减少就诊等候时间，减少就诊次数；降低药物费用，减轻病人经济负担，让先进的辅助生殖技术能够造福于每一名不孕症患者。