肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗症，它与肛周脓肿有着因果关系，是一种慢性感染性疾病，它以肛瘘的外口经常、反复的疼痛，破溃流出少量脓性、血性、粘液性分泌物及分泌物刺激皮肤引起的瘙痒为主要症状，而痔疮是人人都有的具有重要生理功能的正常结构-----肛垫发生病理性肥大和移位的结果，主要症状是排便时出血和脱出，它在病因、症状、体征及发病部位等方面均与痔疮几乎没有相同之处，因此很容易鉴别，一般仅凭患者的主诉基本上就可作出初步诊断，再结合肛肠科常规检查（包括视诊、指检+肛门镜检查）即可完全鉴别和明确诊断，对它们采取的治疗方法也完全是不一样的。因此在从事肛肠专科的医生看来，肛瘘和痔疮是基本没有联系的二种不同疾病。

　　虽然肛瘘也是肛肠科的常见病之一，但和肛周脓肿一样，肛瘘在民间的“名气”也大不如痔疮，因此也常有肛瘘患者自称是得了痔疮而前来就诊（她们以为肛门不舒服，得了病就肯定是得了痔疮），而实际上他们患的是肛瘘而不是痔疮。当然由于痔疮发病率高，所以患肛瘘的患者同时又有痔疮也是很常见的现象，在手术切开切除瘘管时对其行经方位的痔疮往往进行一并切除，至于其它方位的痔疮处理应在遵循痔疮治疗原则的基础上视具体情况选择最合适的治疗方案。