目前，甲亢主要有三种治疗方法，包括内科抗甲状腺药物（ATD）治疗、核医学科碘-131治疗、外科手术治疗。
　　内科ATD治疗有效而且比较温和，治疗过程中可以及时调整药量。缺点是治疗时程长，通常需规范治疗1-2年；治疗期间， ATD可引起肝、肾功能及造血系统的损害，一旦发生常常难以坚持。ATD治疗的一个不足是停药或减量时甲亢易复发，有报道ATD治疗的复发率在40-60％左右。
　　碘-131治疗方法简便，通常仅服用一次碘-131，甲亢症状在治疗后1月左右开始见效、好转，大部分在服药后3月后达到临床治愈，半年时可达90％。碘-131治疗不会引起肝、肾功能及造血功能的损害。因此适于那些由于ATD治疗引起肝、肾功能异常或血细胞降低的甲亢病人的治疗。有些碘-131治疗半年后症状无明显改善或缓解不全的病人，可再次进行碘-131复治。碘-131治疗的一个主要并发症是甲减，研究显示，碘-131治疗后一年内发生的甲低(早发甲低)通过甲状腺激素替代治疗后，大部分人可恢复正常；但碘-131治疗一年后出现的甲低（晚发甲低）往往需要较长时间调理或终生甲状腺激素替代治疗。
　　手术治疗通常采用甲状腺次全切除术治疗甲亢，其缓解甲亢症状迅速，适于甲亢伴有结节的病人，主要不足是有创伤，其治疗效果与手术医生的临床经验有关；个别情况下可能造成喉返神经受损、甲状旁腺功能低下等手术并发症。术后仍有部分病人甲亢复发或出现甲低。