还原论方法模式是16世纪以来在欧洲形成和发展起来的，它首先出现在自然科学领域，有力地推动了近代科学技术革命。还原论的思想基础是欧洲传统的原子论。其代表人物有留基伯、德谟克利物、伊壁鸠鲁等。还原论的观点和方法是由原子论的思想转化发展而成的，是原子论的方法化，有些学者把还原论称为原子论的世界观和方法论。

　　还原论把整体理解为由各部分组合而成，因而可以分解为部分研究，从部分来解释整体;把高层次现象理解为由低层次现象整合而成的，因而可以降解为低层次来研究，从低层次来解释高层次;认为事物或现象的本原是最小的不可再分的物质颗粒“原子”(或其化身“物质成分”等)，因而把事物或现象“还”到其“本原”，就可以揭示其本质，阐明其根源。

　　笛卡尔(1596~1650)在其名著《方法论》一书中，第一次明确地提出了还原方法的基本原则：“把我所考察的每一个难题，都尽可能地分成细小的部分，直到可以而且适于加以圆满解决的程度为止。”牛顿(1642~1727)按其力学原理，把世界理解为一部由最小的原子一层一层地组装起来的机器，提出了对这部机器进行“分解~还原的方法原则：“在自然科学里，应该像在数学里一样，在研究困难的事物时，总是应当先用分析的方法，然后才用综合的方法。……用这样的分析方法，我们就可以以复合物论证到它们的成分，以运动到产生运动的力，一般地说，从结果到原因，以特殊原因到普遍原因，一直论证到最普遍的原因为止。

　　以笛卡尔和牛顿为代表的科学家们提出的“分解― 还原”方法的基本原理，贯彻到科学研究活动中，科学家们逐步地将其具体化为各种操作方法，其中有代表性的有：分解还原，科学实验，定量分析方法以及逻辑法则。这样，以还原论的基本原理为核心，以笛卡尔和牛顿等提出的方法原则为纲领，加上这些操作性方法的发展和应用，逐步形成还原论方法模式。