病理学诊断的重要性是众所周知的，甚至被誉为“金标准”。正确的病理诊断对临床诊断的最后确立的确具有重要意义，并有助于临床制订治疗方案和判断预后：有计划的定期活检可以协助临床了解疾病发展的动态变化，判断疗效。
　　但是，病理诊断也存在着局限性，可归纳如下：
　　1、只能对有形态学改变的疾病进行诊断，对于无形态改变的功能性或代谢性疾病，病理学检查则无意义，这实质上是某些疾病中形态变化与功能、代谢变化不一致的表现。
　　2、只反映某一疾病发展中某一阶段的病理变化，多数疾病的发展具有多阶段性，有的疾病只在一定阶段才显示特征性变化，如肠克罗恩病只有在出现典型的裂隙样溃疡及肉芽肿性改变时，才能作出准确的病理诊断，蕈样霉菌病前期的镜下改变是非诊断性的，只有当其演进到肿块期，在真皮见到异型淋巴细胞和表皮内的Pautrier脓肿时，病理诊断才有可能。此外，形态变化具有“滞后”性：如心肌梗死，一般需经4h才能看到核的变化，6h后肉眼才能辨认出梗死灶。如取材样本中病变处在非特征期，则可导致“漏诊”。
　　3、只局部地反映送检样本的病变。如取材不当（如癌旁或非癌区或非病变区），也会造成“漏诊”或“误诊”。
　　4、只反映诊断当时对某一疾病（类型）的认识深度与诊断标准，带有明显的时代印迹（有时仅相隔几年至十几年）。随着对疾病认识的深化和诊断标准的变化，原来诊断的可靠性与准确性将发生变化。事实上，一个新的疾病（或亚型）的出现，常常是对以前认识的修正、深化、甚至是否定。WHO肿瘤组织学分型的每一次改版都是对上一版的补充、修正或局部否定。这种现象其本质是相对真理与绝对真理的关系，既不能循古判今，也不应以今非古。
　　5、它在相当程度上受病理医师的基本知识、阅片经验及逻辑思维的影响，带有主观性和经验性。这种影响对一些交界性病变的判断时表现得最为突出。在这种情况下，病变形态的不确定性（灰区）、诊断标准的人为性武断性、观察者对图像识别和进行判断过程中的主观性，必然会导致一张切片经不同专家会诊得出不同的结论。一张切片经不同专家会诊出现几种诊断的事例亦见不鲜。
　　6、新技术、新方法尚不够普及，使一些本来可通过免疫组化、电镜检查、细胞遗传学和分子病理学技术等得到确诊的病例，因得不到新技术、新方法的帮助而无法确定诊断。病理学里有些疾病其形态有共同性或相似性（即“同形异病”），如圆形细胞肿瘤、梭形细胞肿瘤、多形细胞肿瘤等，它们实际上并不是同一个独立疾病，但它们在HE切片上却因“同形”而难以区别，只能靠上述技术手段才能进一步明确。如病理科设备简陋，其诊断的局限性必然更突出。这实质上是设备陈旧与先进认识间差距的反映。
　　上述局限性，可以通过主、客观的努力得到缩小，但要使它完全消失则是不客观的。临床与病理双方均应对此持高度警觉性。