肛窦炎主要依靠肛管直肠指诊和肛门镜检查来诊断。肛管直肠指诊时，肛管一般较紧缩，肛窦发炎处有明显触压痛，可扪及硬结或凹陷，有时可摸到变硬的肛乳头。肛门镜检查时可见到病变的肛窦充血、水肿，肛窦内的凹陷亦变深，或有少量脓液、粘液从窦口流出；如有肛乳头肥大，可在齿线部看到乳白色的三角形肿物。