肛窦开口向上，一般情况下肛窦闭合，粪便及细菌不易进入，腹泻时稀便易进入肛窦，可引起肛窦炎。大便干结或便中夹有异物，在通过肛管时损伤肛窦或肛瓣，也可引起肛窦炎。

　　肛窦炎症常可引起发炎，导致肛乳头肿胀肥大。另外，肛窦炎的炎症可通过肛腺管和肛腺扩散蔓延，引起肛门直肠周围脓肿。