泌尿系结石有很多危害，包括以下几方面：
　　结石可以直接引起泌尿系的损伤、梗阻、感染、甚至恶变。
　　结石本身的直接刺激可致尿路粘膜充血、水肿、甚至糜烂或脱落。
　　一些体积较大或嵌顿在管腔内的结石可在局部引起溃疡、肉芽肿或瘢痕性狭窄，偶尔可并发恶变。
　　结石阻塞尿路后最为重要的病理性改变是肾积水和肾功损害，这取决于梗阻的部位和程度。由于输尿管的管腔较细，引起的梗阻程度往往较重，容易导致进行性肾脏损害，主要表现为肾盂内、集合管内和肾间质的压力升高，肾盂和肾盏扩张，同时肾小球滤过率和肾血浆流量下降。如梗阻持续存在，肾功能在一定程度上将发生不可逆损害。
　　尿路结石合并梗阻时，由于尿液淤滞，有时可能会并发尿路感染，而感染又会引发结晶的析出和沉淀，使原有的结石体积迅速增大，结果进一步加重了尿路梗阻，由此形成恶性循环。