对于炎症性肠病，目前没有单一的检查能确诊，临床医生往往需要整合多方面信息来做出诊断。除了病史与查体，炎症性肠病的诊断通常需要结合结肠镜和（或）小肠镜，以及小肠钡餐造影。当今在许多医学中心，小肠钡餐造影已经被CTE所代替。
　　CTE的主要步骤包括口服大量(至少1400ml)中性造影剂扩张小肠、使肠壁与肠腔形成对比，静脉注射碘造影剂，以及获取腹部与盆腔的薄层扫描影像。克罗恩病在CTE的主要的表现为：肠壁厚度增加或厚度不对称，肠壁强化明显，肠壁分层，纤维脂肪增生，肠系膜脂肪密度增加及梳样征等。
　　目前已经有许多研究认为CTE对于活动期小肠炎症的敏感度明显较小肠钡餐造影高，主要原因是克罗恩病病变为透壁性病变而非仅仅局限于肠粘膜，钡餐造影不能完全反应疾病情况。
　　CTE的影像学表现与克罗恩病活动性及其他内镜表现以及血清CRP浓度等具有高度一致性。一项关于克罗恩病诊断的前瞻性研究提示，CTE对于活动性小肠炎症较回肠镜及小肠钡餐造影更加敏感，特异性较胶囊内镜更高。同时，对于会引起胶囊内镜嵌塞的隐性小肠狭窄，CTE也有明显优势。
　　CTE缺点是：
　　1、它并非适用于所有克罗恩病患者。肠张力不足或不能耐受静脉造影剂（肾功能缺损，严重造影剂过敏）都限制了CTE的应用，患者须改用其他检查。
　　2、CTE的价格较小肠钡餐造影昂贵，然而这相对于CTE所能带来的信息以及最终诊断获益来说显然是值得的。一项研究提示CTE能改变超过半数患者糖皮质激素的使用。
　　3、CTE导致患者更多的射线暴露。患者在CTE检查中所接受的射线量是小肠钡餐造影的3～4倍，然而目前这个问题随着CT技术的进步正在被解决；并且随着磁共振分辨率的改善，MRE（磁共振肠造影）正逐渐被应用于临床。
　　相比于小肠钡餐造影，CTE是小肠影像学上的一个重大进步。因它对于活动性小肠炎症高度敏感，相较于胶囊内镜又可以探测管腔外并发症，在许多中心已经替代小肠钡餐造影成为一线小肠疾病的影像学手段。