腹腔镜外科在IBD领域的应用一直受到广泛质疑，原因在于IBD患者通常肠壁及系膜增厚、质地脆，时常伴有炎性包快、瘘及脓肿，此外还有营养不良、激素应用、以及前次手术所带来的粘连等危险因素存在。
　　但在IBD患者，腹腔镜手术相对于传统开放手术有许多理论上的优势：
　　1、病人通常比较年轻、社交活跃，能尽快回复正常生活及手术切口的美观对他们非常重要；
　　2、腹腔镜导致的粘连相对较少，降低了再次手术的难度；
　　3、盆腔粘连的减少可以降低育龄女性术后不孕症的发生率；
　　4、在恶性肿瘤、憩室炎等领域观察到的腹腔镜手术的短期优势同样可以体现在IBD患者身上；
　　5、腹腔镜手术可能会减少小肠梗阻以及切口疝等长期并发症的风险。
　　以往的荟萃分析和随机对照研究已经发现克罗恩病（CD）患者的腹腔镜回盲部切除手术是安全的，并没有增加术后并发症，反而减少了术后肠梗阻、缩短了住院时间。同样，在溃疡性结肠炎(UC)的次全结肠切除以及IPAA手术中也体现了腹腔镜的优势。
　　最近来自法国的一项历时14年、包括了633例IBD患者的研究发现，随着腹腔镜手术经验的增长，中转开腹的比例以及术后严重并发症发生率都显著下降了，文章发表在外科权威杂志Annals of Surgery上。
　　该研究一共完成了790例次手术，其中574 例(73％)例采用腹腔镜手术，包括了 286例(48％)回盲部切除, 118例(19％)次全结肠切除, 134例(21％)IPAA手术, 23 例(8％)结肠部分切除以及 18例(4％)腹会阴联合切除等。其中145例(25％)为复杂腹腔镜手术，包括了66例再次、多次腹部手术患者以及 93例伴有腹腔脓肿和瘘的患者。中转开腹的比例为12％（67例），术后死亡1例 (0.2％)，66例(13％)发生严重并发症。
　　按时间先后划分为5个阶段比较后发现：腹腔镜手术的比例从研究开始时的 42％ 上升到研究结束时的80％；而且复杂腹腔镜的手术比例显著增加，中转开腹比例和术后严重并发症比例显著下降。所以该研究作者认为腹腔镜手术有望成为将来IBD手术的“金标准”。