对于组织脆弱、肠系膜增厚、粘连致密、病变多发、营养不良或免疫抑制的IBD患者，腹腔镜手术具有一定难度。尽管有这些担忧，多个早期文献报导了IBD患者腹腔镜手术相对于开腹手术的优点。腹腔镜在CD患者的应用比UC更为广泛。近些年，随着腹腔镜器械的更新及医师技术的进步，腹腔镜更多的被应用于IBD患者，尤其是须进行复杂手术的患者。
　　1、回结肠切除术：
　　尽管缺乏随机对照研究数据，目前已经有许多文献发现腹腔镜相对于开腹手术在回结肠切除术上的优势。
　　一项包含60名患者的研究显示：腹腔镜组患者术后肺功能更好、并发症发生率更低、住院时间更短。其他研究中也得到类似结果，腹腔镜患者术后肠道功能恢复的更快、术后的疼痛和镇痛需求明显更少。这些优势使得病人可以更早出院、并减少费用。
　　然而对比完全腹腔镜手术和腹腔镜辅助手术，在手术时间及费用等方面并没有显著性差异。也有文献报道了腹腔镜手术能减少出血、切口感染、腹腔脓肿、术后肠梗阻等优势，但均是短期结果，需进一步研究证实。
　　未来腹腔镜手术的研究需要着眼于患者长期收益和对术后患者的生活质量的影响，这方面的数据仍十分稀缺。
　　回结肠切除术中腹腔镜中转开腹的比例大概是0％-7％。中转开腹的危险因素包括内瘘、腹腔包块、复发性CD、激素的使用、术前营养不良等。
　　2、小肠切除术：
　　腹腔镜手术较为简单，但是需要仔细检查整个小肠。
　　3、造口术：
　　腹腔镜回肠或结肠造口术具有以上提到的所有优势，并且除了造口和穿刺孔外没有其他切口。
　　4、结肠切除术：
　　孤立病灶的节段结肠切除、全结肠炎的结直肠切除+回直肠吻合都可以通过腹腔镜手术来完成。腹腔镜手术比开腹手术住院时间更短，术后恢复活动、工作更早。
　　5、复杂CD的腹腔镜手术
　　复杂CD（包括复发病灶、瘘管、脓肿、蜂窝织炎等）的腹腔镜手术，即使对于最有经验的外科医生也是个挑战。中转开腹的因素包括：术中肠管损伤、瘘管尤其是累及十二指肠或者阴道的瘘管。但中转开腹并不会增加并发症的发生率。
　　6、UC的腹腔镜手术
　　UC的腹腔镜手术由于其手术过程复杂，因此相关的经验较CD较少。
　　全结肠切除的腹腔镜手术相对于开腹手术的短期优势包括：减少住院天数、减少术中出血、胃肠功能恢复快，即使对于难治性急性重症结肠炎这些优势同样存在。对于内科治疗无效的UC，IPAA手术已经是标准术式。腹腔镜下IPAA在手术量大的中心正在开展，可以分成完全腹腔镜和腹腔镜辅助两种。
　　短期效果来看，完全腹腔镜手术与腹腔镜辅助没有显著差异。