抗凝治疗是下肢深静脉血栓患者的基础治疗。根据不同治疗时期和目的，抗凝治疗可分为短期期抗凝和长期抗凝。短期抗凝的目的是防止已经形成的血栓不断蔓延，临床上使用最多的药物是肝素。
　　在历史上，肝素的持续静脉内注射是经典的短期抗凝治疗，但这一方法具有几个缺陷。首先，患者不得不接受长达3、4天的持续药物注射，严重影响了生活治疗；其次，部分患者可出现肝素抵挡的情况，导致临床疗效降低，对于某些肾功能不全的患者，持续使用肝素也是不安全的；最后，持续使用肝素需要不断监测APTT等凝血指标，而APTT并没有统一试剂的标准，经常会出现治疗达标但效果不佳的情况。这都给病人和医师带来了很多麻烦。因此目前在临床上应用较少。
　　因此，从上世纪90年代开始，学者们开始致力于新型肝素的研制。较为理想的肝素应当有以下特点：1、给药方式简便；2、药物半衰期长，这样只需一天1~2次给药即可；3、对凝血指标影响较小；4、抗凝效果满意。通过不懈的努力，最终出现了低分子肝素。目前，低分子肝素已经被绝大部分医师所接受，成为短期治疗的首选药物。
　　仅仅使用低分子肝素进行近期抗凝是不够的，在很多情况下，下肢深静脉血栓的危险因素是很难完全消除的，因此存在着远期复发的危险，也就相应地需要长期抗凝治疗。由于低分子肝素价格较为昂贵，很难坚持长期使用，目前临床上主要是使用以华法林为代表的双香豆素类药物。对于一般的下肢深静脉血栓患者，ACCP推荐长期抗凝3~6个月。对于某些存在凝血机制异常等高危因素的患者，则建议终身抗凝。对于存在抗凝风险的患者，则推荐其他治疗如下腔静脉滤器植入等。
　　抗凝治疗是具有一定的风险性的，其中包括肝素诱导的血小板减少，皮肤黏膜、消化道、尿道甚至颅内等部位的出血，等等。这就使抗凝治疗常常处于两难的地步：如果药物剂量不足，则无法达到满意的治疗效果；而万一剂量超标，出血的风险就会大大增加，甚至还会危及生命。因此，正规、专业的抗凝治疗方案应当在一开始就由血管外科医师根据病人的个体情况（血栓危险因素、身体一般状况、生活习惯等）来制订。在抗凝过程中，血管外科医师还会根据病人情况检测凝血指标，并根据检查结果不断调整药物。