治疗后仍有不少患者可反复发作，这可能与亚临床感染、潜伏感染或再感染有关。经反复多次治疗，这些患者中多数可控制复发，但也有长期带病毒者，这些患者经过一段时间后，随着机体免疫状态的改善，病毒可消失。长期带病毒者可使某些生殖器肿瘤的发病率增加，例如宫颈癌，外阴鳞癌等。尖锐湿疣的自然消退率在0―69％之间。