伪膜性肠炎主要发生在结肠，偶见于小肠等部位。病变肠腔扩张，腔内液体增加。病变肠粘膜的肉眼观察，可见凝固性坏死，并覆有大小不一、散在的斑点状黄白色伪膜，从数毫米至30毫米。严重者伪膜可融合成片，并可见到伪膜脱落的大、小裸露区。显微镜下可见伪膜系由纤维素、中性粒细胞、单核细胞、粘蛋白及坏死细胞碎屑组成。粘膜固有层内有中性粒细胞、浆细胞及淋巴细胞浸润，重者腺体破坏断裂、细胞坏死。粘膜下层因炎性渗出而增厚，伴血管扩张、充血及微血栓形成。坏死一般限于粘膜层，严重病例可向粘膜下层伸延，偶有累及肠壁全层导致肠穿孔。山东省千佛山医院肛肠科王志民

Price和Davies将本病的粘膜病变分为3种：

①早期轻度病变显示粘膜灶性坏死，固有层中性粒细胞及嗜酸粒细胞浸润和纤维素渗出。

②较重度病变示有腺体破坏，周围中性多形核细胞浸润伴有典型火山样隆起坏死病变，伪膜形成。以上两者病变限于粘膜固有层浅表部位，间有正常粘膜。

③最严重病变为粘膜结构完全破坏，固有层广泛波及，覆有厚的融合成片的伪膜。病变愈合后，伪膜脱落，伪膜下愈合的创面发红，在伪膜脱落后10天左右，内镜检查可完全恢复正常。