骨肿瘤的病因大多不明确，
因而不易从病因方面采取预防措施。但某些良性骨肿瘤可以演变为恶性肿瘤。因此，对于良性骨肿瘤应密切观察，定期前往具有骨肿瘤专业诊断技术的医院复查，如有恶变征象，应立即采取根治措施。随着分子生物学的飞速进展，骨肿瘤的分子遗传学方面的研究也已经得到了有启发性的结果。目前已发现的诱导恶性骨肿瘤发生相关的基因有：ras基因家族、src基因家族、c-myc基因等。抑制恶性骨肿瘤发生的基因有：
RB1与P53等基因。但在这一方面还有待深入研究。