泌尿系统结石对于泌尿系统的危害主要为梗阻、感染和损伤。单侧泌尿系统的梗阻可引起肾积水，长期发展导致肾盂肾盏扩大，最后肾皮质萎缩成一个水囊而失去功能。双侧梗阻则可引起尿毒症。而结石合并感染可引起结石性肾盂肾炎、肾积脓、肾周围炎、肾周围脓肿，最终完全毁坏肾实质。结石、梗阻和感染三者互为困果，形成恶性循环，即结石引起梗阻，梗阻引起感染，感染又导致结石。除此之外，结石还可直接引起肾脏和膀胱的损伤，通过对粘膜的长期刺激可能引起鳞状上皮癌，如肾盂癌、膀胱癌等。