胶囊内镜的设计原理及仪器特点均明示，它的最佳适用脏器是小肠。适于胶囊内镜检查的小肠疾病包括：原因不明的消化道出血，经上、下消化道内镜检查无阳性发现者，无法解释的腹痛、腹泻，炎性肠病（如克罗恩病），小肠肿瘤、息肉、血管畸形，不明原因的缺铁性贫血，肠营养吸收不良病及小肠影像学异常。胶囊内镜还可用于了解节段性肠炎，观察手术吻合口的情况、小肠息肉综合征的发展和某些小肠疾病的疗效。另外，正常体检也可做胶囊内镜检查，其临床意义在于能发现亚临床性疾病，提高小肠疾病的早期诊断、早期治疗水平。