一般认为，GIST为潜在恶性的肿瘤，虽然手术是原发可切除GIST的首选治疗，但在靶向药物伊马替尼未进入临床应用前，GIST患者在病灶完整切除后的5年生存率仅为50％左右，不完整切除的患者5年生存率不足10％。

根据现有的临床研究结果，目前推荐中、高危复发风险的患者手术后应接受靶向药物伊马替尼的辅助治疗。在治疗时间方面，目前推荐中危患者术后辅助伊马替尼治疗2年，高危患者辅助治疗3年。但临床上观察到，对于高危患者，即使术后伊马替尼辅助治疗满3年，停药半年以后仍有患者复发。美国一项研究正在探索术后连续口服伊马替尼（400mg/d）5年的疗效。另外，有研究显示，不同基因突变类型患者对伊马替尼辅助治疗的疗效不同，建议对CD117表达阴性的患者进行基因检测。

目前，术后伊马替尼辅助治疗的剂量推荐是400mg，每天1次。对于何时开始辅助治疗，欧美学者与国内学者的意见分歧较大，欧美学者认为手术后应尽早开始服药。国内一般推荐等患者可以正常进食后开始，胃大部分切除患者一般于术后10―14天，结肠、小肠肠段切除患者于术后5―7天开始服药。