导管消融治疗虽然较之外科手术创伤很小，效果明确，但和任何一项临床治疗，尤其是有创的治疗一样存在发生并发症的可能性。所有的导管消融治疗共有的并发症大体上可以分为3个方面：血管穿刺、导管操作、消融过程。血管穿刺并发症有血肿、深静脉血栓、动静脉瘘、血气胸等。部分心律失常患者操作中需要进行房间隔穿刺，房间隔穿刺的并发症主要是心脏穿孔所致的心包填塞。心脏穿孔致心包填塞也是导管操作和消融过程可能产生的并发症。各种不同类型的心律失常消融治疗导管操作和消融过程中并发症的类型也可能有所差异，在以下各论内容中会有所述及。导管消融治疗已经是一种比较成熟的心律失常治疗手段，从科学的角度，发生并发症的情况不是绝对能够完全避免的，但相对来说，这个几率是非常低的。患者从消融治疗中的获益远远大于可能存在的风险，正因如此，该项治疗才能够得到推广、普及和发展，患者在诊治过程中不必过于担心并发症的发生。一般而言，在正规大型医院就医，专业医生对每一步骤可能的并发症都很了解并竭力控制在尽可能低的水平，患者大可以放心。