在此疫苗获得批准之前，FDA必须明确其安全性和有效性。无论是Gardasil还是Cervarix均已经在美国以及其他国家进行了数以万计的人体实验，到目前为止没有发现严重的不良反应。最常见的问题就是注射部位的疼痛和局部反应。这种文章描述：现象与接种其他疫苗没有什么不同。目前还没有足够的证据证明在妊娠期是安全的，因此，妊娠期不提倡接种。
　　最近的来自FDA和CDC的安全回顾认为严重的副作用是发生于Gardasil上市前进行安全实验时发生的，但是其发生率与其他疫苗没有不同。但是发生静脉血栓及 晕厥似乎比其它疫苗更加多见。晕厥后摔倒有时会引起严重的损伤，当然这点可以通过让患者接种疫苗后坐下休息15分钟以上予以预防。FDA和CDC 提醒医疗机构，接种疫苗时，为了防止发生摔倒和损伤, 所有接种疫苗的人需要至少坐下或躺下观察15分钟。