应该说消灭生殖器官HPV感染危险的最可靠措施就是避免与别人有任何生殖器的接触，这似乎是不可能的！应该说对于性活跃的妇女，与自己的性伴侣保持长期、固定的关系是最大限度地预防生殖器HPV感染的有效措施。然而，即使如此还是很难明确性伴侣以前是否感染过。
　　目前还不清楚避孕套在预防HPV感染上的作用，由于未被避孕套覆盖的区域是可以被病毒感染的。
　　虽然避孕套在预防HPV感染上的作用还不清楚，但是目前似乎最简单而有效的措施只能是戴避孕套。应该说戴避孕套的保护效果对于女性更加有利！研究发现使用避孕套确实可以使使宫颈癌的发病率下降，而宫颈癌的主要病因就是HPV感染。
　　美国FDA已经批准了两个预防HPV感染的疫苗Gardasil&reg和Cervarix&reg，这两种疫苗能够有效地预防HPV 16型和18型的持续感染, 70％的宫颈癌是由这两个类型的HPV引起的。另外，Gardasil 也可同时预防HPV 6 型和11型, 几乎所有的生殖器湿疣(90 ％)是和这两个病毒有关。目前有些初期的研究结果发现Cervarix对于可能引起癌症的其它类型的HPV也有部分保护作用。