病人因为咽喉不适而就诊，一般情况下，耳鼻喉科医生在门诊通过询问病史和应用间接喉镜检查即可大致诊断出疾病，并进行处理。部分病人由于各种各样的原因，医生需要做相关的喉镜检查才能明确诊断。临床上比较常用的喉镜检查包括硬管喉窥镜、纤维（或电子）喉镜和显微喉镜等。
　　比较常见的原因，如病人舌背高拱、咽反射过于敏感、会厌不能上抬等，导致间接喉镜下喉腔和喉咽部不能看清楚，这时多数需要借助于硬管喉窥镜检查。先用表面麻醉剂（地卡因）喷在口咽部，使得咽反射减弱，然后将一根直的硬管放在口内舌体上面，在监视器上即可看清楚咽喉部的各个结构。检查结果可以保存下来，或者打印成照片。这是一种无创的检查，极少数病人会发生麻药过敏的现象。检查后２小时待麻药作用完全消失后，即可正常进食。
　　部分病人应用硬管喉窥镜仍然不能完全暴露喉部，或者病人不能张口等，这时就需要做纤维喉镜或纤维电子喉镜检查。由于是纤维软管，因此可充分看清喉腔和喉咽，以及鼻腔、鼻咽、气管内的情况。麻醉也是应用地卡因，除了喷在咽部外，再将地卡因滴入喉腔内。这是喉科应用最为广泛的一种无创检查。除极少数病人高热、呼吸困难等原因外，几乎没有禁忌症。
　　经过上述喉镜检查，如果发现喉内或喉咽部有病变，尤其是肿块以及不明原因的溃疡等，为了明确其性质，需要在显微喉镜下活检。一般采用全身麻醉的方式，直接喉镜暴露喉部，应用支撑架，在双目显微镜下操作。部分病人术后有咽部黏膜损伤的现象，几天后即可痊愈。