1、通过十二指肠镜完全可以把疾病治愈，而不需要其它手术治疗，如各种类型的肝外胆管结石、胆道蛔虫症、乳头括约肌狭窄。
　　2、胆囊结石继发胆总管结石或乳头括约肌狭窄，经内镜治疗后排除胆总管的结石或解除了括约肌狭窄，再行胆囊切除术时，就不需再做胆总管探查取石术或oddi括约肌成型术，同时也免去了“T”型管引流术。对急性梗阻性化脓性胆管炎、急性胆源性胰腺炎、壶腹周围肿瘤引起的梗阻性黄疸等多种疾病，通过内镜进行相应治疗后，使急性梗阻性化脓性胆管炎迅速达到临床治愈，使急性胆源性胰腺炎的胆管通畅、胰管引流，减轻临床症状，而且还可以通过内镜诊断进一步明确病因，为下一步治疗创造条件。
　　3、作为手术后的补充治疗。胆道手术后，胆管残余结石、乳头括约肌狭窄，均可通过内镜来完成整个治疗过程。
　　4、“两镜”联合治疗胆石症。即先用电子十二指肠镜取出胆总管内结石，再用电视腹腔镜切除有多发结石的胆囊。经B超和ERCP检查确诊为梗阻性黄疸、胆总管结石、胆囊结石的患者。传统手术是开腹切除胆囊、打开胆总管取出结石，置“T”形管引流2周以上，对病人损伤大，住院约20天。用电子十二指肠和电视腹腔镜结合的方法，是利用了“两镜”优势互补的最佳手术选择。第一天，在放射科口腔麻醉且病人清醒的条件下，用电子十二指肠镜取出胆总管内结石，第二天，在手术室全麻下行电视腹腔镜胆囊切除术。第四天病人即痊愈出院。两镜联合治疗胆石症是胆道外科发展趋势，可取代开腹手术治疗胆石症。
　　5、作为一种姑息性的治疗方法。对于壶腹周围肿瘤，在失去根治性手术时，经内镜胆管内瘘引流，不仅可达到引流胆汁，减轻黄疸，恢复胆肠循环的效果，且方法简便，可减少患者的痛苦和危险。该方法特点是将损伤较大的直接手术操作变成了损伤较小的远距离的器械操作，由于电子内镜有其优越无比的性能，使其在局部解剖标志上比直接手术的肉眼观察还要清楚，针对性更强。从而可完全避免不必要的损伤。