鼻窦又被称之为筛迷路，是人体解剖中最为复杂的骨结构，尤其是它们与周围密切和错综复杂的解剖关系，以及它们本身解剖形态的多种变异和气化，使得鼻窦手术成为难度大和风险多的危险手术。例如，与它相邻的解剖有：前颅凹、筛板、颈内动脉、海绵窦、眼眶和眶内容、视神经以及诸多的大动脉（眼动脉、蝶腭动脉、颈内动脉）等。熟知解剖和术前反复的研究CT 片，熟悉各解剖结构及其相互关系乃是避免手术并发症之根本。
　　在FESS的过程中，手术视野多变而狭小，加上颇为常见的解剖变异使得外科标志难以辨认。另外手术者的视野被限制在粘膜表面，医生不能观看到粘膜背后的结构和病变，给手术带来诸多盲目的风险。如果术前未能充分的了解和估计到病人解剖变异的情况，手术中就很可能引起并发症。因此详细的外科手术“路线图”显得颇为重要。所有需要做FESS的病人术前必须做冠状位CT检查。冠状位CT片是外科手术计划的重要参考依据。
　　手术原则：熟练解剖，宁右勿左。
　　解剖因素：1、正常解剖薄弱部位：鼻腔顶、筛窦顶、鼻腔顶筛窦顶交界处等。
　　2、解剖变异：沟突与纸样板相连，纸样板缺如，Haller气房（眶下气房），Onodi气房（蝶上筛房），大筛房等。
　　3、再次手术：解剖变化，骨质硬化，易出血，麻醉效果差等。
　　手术者因素：不熟练，胆太大，无监护。
　　器械因素：影像不清晰，手术器械不合适，止血措施差等。
　　其它因素：术前准备不充分，术中视野不清晰，出血多，麻醉差。
　　并发症的分类
　　（一）     按部位分：
　　1、    鼻腔并发症：如鼻出血、术后鼻腔粘连等。
　　2、    眼部并发症：如眼眶骨膜气肿、纸板和眶骨膜完全性损伤、结膜下出血或血肿、眼球运动障碍、视神损伤等。
　　3、    脑部并发症
　　4、    其他：牙痛等。
　　（二）     按严重程度分：
　　通常可以划分成一般性的和严重性的两类，一般性的并发症有眼眶骨膜气肿、鼻出血、术后鼻腔粘连、牙痛等。虽然这些并发症较为常见，但是它们常可自愈，不必做CT检查。严重的并发症比较少见，但是常具有严重的破坏性甚至是致命的。
　　严重的并发症较常见的有：
　　1、 纸板和眶骨膜完全性损伤：可以导致眶内脂肪疝入筛窦。术前已经存在的眶纸板缺损，其原因可能是病人以往有创伤的病史或者慢性鼻窦炎侵蚀所致；因手术过程中创伤导致的纸板破坏，其主要原因是切除中鼻甲基板附着处时用力不慎。
　　如果原已存在眶纸板缺损或者是以往的手术已造成了纸板的破坏缺损，手术过程中有可能直接损伤内直肌、上斜肌或者其他眶内容物。损伤眶内容物的结果，可能导致手术后复视，复视的原因可能是碎骨片卡在肌肉中、直接撕裂了肌肉、或者继发性的神经损伤。薄层断面的轴位和冠状位CT扫描，可帮助我们在术前了解纸板的状况，避免上述并发症的发生。
　　2、 结膜下出血或血肿：常常伴有眼外肌的损伤。如果由于进行性的出血或者空气通过鼻腔进入眼眶内和眼内肌使得眶内压力增高，血管受压，局部缺血，可能导致继发性的视力障碍或者失明。CT表现为眶内较高密度的阴影，眶内容受压移位。
　　3、 视神损伤：如果在做后组筛窦切除时损伤了视神经管的骨壁，可能导致术后暂时性的视力障碍甚至永久性的视力障碍。创伤引起视神经的供血障碍，也可以导致失明。术后视力损害的病例，CT检查可以观察到眶壁损伤、眶内异常阴影、眶内组织移位和受压迫的程度。进一步确立是否有视神经的损伤、视力恢复的可能性和是否需要立即手术。
　　4、 损伤大血管：直接损伤了重要的血管，可以引起术中大量出血。如果直接损伤了颈内动脉甚至可以导致病人死亡。应当紧急做血管造影术，放置气囊闭塞受损伤的动脉。
　　5、 蛛网膜下腔出血：术后病人头痛，畏光，或者病人有蛛网膜下腔出血的迹象，应当立即做头颅CT扫描，如果发现病人确有蛛网膜下腔出血，需进一步做脑血管造影寻找出血的确切部位。
　　6、 损伤鼻泪管：多数发生在上颌窦-中鼻道开放术时，向前扩大上颌窦的开口时。损伤鼻泪管的膜部有可能自愈或者因自发性的在中鼻道形成瘘管而缓解，如果鼻泪管狭窄或者全闭锁通常是由于手术中切断了鼻泪管所至。CT表现为鼻泪管骨壁缺如。
　　7、 手术后脑脊液漏：是FESS中严重的并发症之一，常常因为操作时粗心大意穿透硬脑膜而发生。发生的部位大多在筛板的垂直板、筛骨凹、前颅凹、蝶鞍、或颅底的其他部位。CT扫描特别是矢状位CT合成可以清楚显示脑脊液漏的部位，如果结合磁共振更有助于定位、定性、确定漏口的大小和范围。
　　8、 脑损伤：脑损伤是最危险的并发症，CT通过可以确诊。