超声对肠道的检查曾经被认为是不准确的, 这种观点的依据是肠道内存在大量气体, 而气体的存在是超声检查的主要障碍之一。但通过肠道充盈的办法排出气体的方法突破了这种限制。

　　肠道超声检查已经被认为是很多肠道疾病的一种有效诊断工具 , 在充分的肠道准备下，肠道超声可以观察到小肠、结肠及直肠的肠壁厚度、层次结构、肠腔狭窄或扩张，以及肠外的病变，超声以它实时动态的优势还可以观察肠管蠕动情况。

　　在克罗恩病、肠结核等以肠壁节段性增厚为主要影像学表现的疾病中，经腹超声联合超声造影技术可以发挥重要的作用。它可以筛查病变部位（以回盲部多见）；可以通过对肠壁厚度及血供的观察来评价炎症活动情况，评估治疗效果；可以观察有无合并肠腔狭窄、肠瘘、腹腔脓肿等并发症。此类疾病的高发人群是青少年，疾病的反复发作需要多次影像学的评估，而超声以它无辐射、经济、便捷的优势成为重要辅助检查手段。