19世纪末，大多数学者认为，免疫现象只是机体对外界传染因子的入侵而发生的防御反应，而对人体自身组织成分不产生抗体，称之为免疫耐受。随着免疫学的发展，抗原、抗体概念的产生和完善，现代的观点认为自身免疫耐受是相对的，在一部分正常人(特别是老年人)，血清中可出现一些针对自身组织起免疫反应的自身抗体，这些抗体不仅参与清除损伤或衰老细胞的过程，也可能起阻断淋巴细胞对自身抗原的免疫反应，所以这一现象应视为机体正常生理反应。只有那些免疫调节功能紊乱，引起失控和过度的自身免疫反应，造成机体的器质性损害和功能障碍者，才称之为自身免疫病。
　　目前对多种自身免疫疾病的治疗包括抗感染药物的系统应用、有效的免疫抑制和免疫调节药物（即：甾体类药物及阻止炎性细胞因子作用的抑制性蛋白）。然而，这些治疗除了对正常免疫反应有强的影响之外，这些治疗在某些病例中无法使患者免受再次患病之苦。近年来，学者们一直在探索如何用干细胞来治疗自身免疫的异常。这一方法的基本原理，主要是针对狼疮、类风湿关节炎以及I型糖尿病的实验性干细胞治疗。
　　目前干细胞移植的方式主要有两种：自体干细胞移植和异体干细胞移植。
　　所谓的自体（即从"自身"）造血干细胞移植的一般方法如下：首先，患者接受一种生长因子的注射，使得大量的造血干细胞从骨髓进入血液中。然后从血液中收集这些细胞，并将其与成熟的免疫细胞中分离开来，再进行存储。当获取足够量的干细胞后，对患者用细胞毒（杀细胞的）药物和/或放射治疗，以除去成熟的免疫细胞。然后，将造血干细胞通过输血的方式输入到循环血中，他们会进而移居至骨髓并开始分化成为成熟的免疫细胞。机体的免疫系统由此会得以重建。此种方法有可能会有疾病的复发。
　　BURT与他的同事对7位患有狼疮并进行了这种治疗的患者进行了一项长期的跟踪调查（1-3年），发现患者在移植后不使用免疫抵制治疗的情况下没有活动性狼疮的发生，病情也持续好转。
　　异体干细胞移植是指通过配型以后采集异体的干细胞，当获取足够量的干细胞后，对患者用细胞毒（杀细胞的）药物和/或放射治疗，以除去成熟的免疫细胞。然后，将造血干细胞通过输血的方式输入到循环血中，他们会进而移居至骨髓并开始分化成为成熟的免疫细胞。机体的免疫系统由此会得以重建。此种方法的主要缺点是排斥反应。